अष्टमीका दिन निकालिएको सेतो मच्छिन्द्रनाथको मूर्तिलाई पूर्णिमाका दिन मन्दिरमा लगेर रथ यात्रा बिसर्जन गर्नु पर्ने प्रचलन छ । हिन्दु र बौद्ध धर्मावलम्बीहरुका साझा आस्थाका देवता सेतो मच्छिन्द्रनाथको जात्रा चैत्र शुक्ल अष्टमीदेखि पूर्णिमा भित्रका ५ दिन चल्छ । मूर्ति सेतो भएकोले देवताको नाम सेतो मच्छिन्द्रनाथ राखिएको बिश्वास छ । देवताका अन्य नामहरुमा करुणामय, आर्यअबलोकितेश्वर पनि हुन् ।

अनिष्ट टार्न तथा अकाल मृत्युबाट बच्न पुस शुक्ल अष्टमीका दिन सेतो मच्छिन्द्रनाथलाई महास्नान गराउने चलन छ । महास्नानका लागि काठमाडौंको शोभा भगवती नजिकको भचाखुशी खोलाबाट ६ वटा तामाका र ३ वटा चाँदीका घटामा पानी ल्याइन्छ । यसरी ल्याइएको पानीमा ६ वटा तामाका घटामा भएको पानीमध्ये ३ पटक तातो र तीन पटक चिसो पानीले मच्छिन्द्रनाथलाई स्नान गराइन्छ । ३ वटा चाँदीका घटामा रहेको पानी मच्छिन्द्रनाथ, करुणामय र आर्यताराको साधना गरेर मच्छिन्द्रनाथको मन्दिरभित्र राखिने परम्परा रहेको छ ।

महास्नान गराउँदा पैंता, नाखीलगायतका सांस्कृतिक बाजागाजा बजाइन्छ । महास्नानपछि मच्छिन्द्रनाथको मूर्तिलाई बासको कपडाले बेरेर आफ्नो आसनमा नराखी बाहिरै राख्ने राखिन्छ । सेतो मच्छिन्द्रनाथलाई स्नान गराउने चलन लामो समय अघिदेखिको भए पनि यज्ञ मल्लका पालादेखि मन्दिर स्थापना गरी स्नान गराउन थालिएको इतिहासमा उल्लेख पाइन्छ । मच्छिन्द्रनाथलाई स्नान गराउँदा आयु लामो हुने, अकालमा मृत्यु नहुने जनविश्वाश छ ।